L’adaptation des champignons pathogènes qui attaquent les cultures se fait souvent à une vitesse qui dépasse facilement notre capacité à identifier des cultivars résistants et à développer de nouveaux antifongiques. La compréhension de la base moléculaire de l’adaptation devient essentielle pour définir des stratégies de confinement plus durables. Ici, je montrerai comment l’étude de la variation dans les populations de pathogènes permet de faire des déductions sur la voie de l’adaptation et les trajectoires futures. Nous combinons des analyses de séquences complètes du génome avec des données sur la transcription à l’échelle du génome et la variation des traits phénotypiques. Je soulignerai comment certaines des régions les plus dynamiques du génome contribuent de manière significative à l’adaptation rapide des agents pathogènes.
